动车上是有厕所的。卫生间的位置一般是在每节车厢的末尾处，厕所比较小，不分男女，有坐便式卫生间和蹲便式卫生间。一些特殊车厢可能不配备厕所，例如餐车。车厢上方的电子屏，会实时显示卫生间使用情况。当人形标志显示绿色时表示没人，人形标志显示红色时则表示有人。
早期的火车卫生间基本上采用的是直排式厕所，也就是排泄物直接通往车下的轨道上，列车停站时，卫生间是禁止使用的。而动车的开行是个巨大转折点。
如：高铁、动车、直达特快和部分近些年新造的快速列车，卫生间采用真空集便器，类似于飞机上的卫生间，冲水时会有吸气的声音。
我国大约是从2000年以后开始逐步对列车上的厕所进行改造，目前所有的动车组、高铁，大部分Z字头列车（直达列车）采用的25T型列车，少部分25G型列车（俗称“红皮车”），已经运行在环境保护要求高的沿线列车（如青藏铁路）均使用真空集便器，实现了非直排。
